Na sífilis congênita precoce, encontram-se lesões de pele no lactente, erupções bolhosas ou máculas cor-de-cobre sobre as palmas das mãos e solas dos pés e lesões papulares ao redor do nariz e boca e na região anal são as mais características. Também está presente linfadenopatia generalizada e hepatosplenomegalia. O lactente pode apresentar déficit de crescimento, ter uma aparência característica de "pessoa senil", pode desenvolver lesões em fissura ao redor da boca (rágades), apresentar uma secreção nasal mucopurulenta ou sanguinolenta, causando obstrução da respiração nasal. Poucos lactentes podem desenvolver meningite, coroidite, hidrocefalia ou convulsões e outras podem apresentar retardo mental. Nos primeiros 3 meses de vida, a osteocondrite (condroepifisite) especialmente dos ossos longos e quadril, pode resultar em pseudoparalisia dos membros, com mudanças Rx características nos ossos.
Muitos pacientes com sífilis congênita permanecem no estágio latente da doença por toda a vida e nunca apresentam quaisquer manifestações ativas. Em outros, aparecem sinais tardios: úlceras gomosas tendem a envolver o nariz, septo nasal e o palato duro, enquanto lesões do periósteo resultam em tíbia em sabre e crescimento dos ossos frontal e parietal.
A neurosífilis habitualmente é assintomática, mas pode apresentar paresia juvenil e tabe.
Pode ocorrer atrofia óptica, algumas vezes levando à cegueira.
A ceratite intersticial é a lesão ocular mais comum e, em geral, recidiva, freqüentemente resultando em cicatrizes da córnea. Surdez neurossensorial, que freqüentemente é progressiva, pode aparecer em qualquer idade. Estão também presentes os incisivos de Hutchinson, os molares de Moon e maldesenvolvimento do maxilar, resultando em "fácies de buldogue"; embora típicos, com baixa freqüência.
